A investigação com ressonância magnética do neuroeixo pode incluir crânio, coluna cervical, coluna torácica ou dorsal e até mesmo a coluna lombar. Dependo da suspeita diagnóstica podem ser necessários todos esses exames. Usualmente sintomas neurológicos são primeiramente avaliados pelos médicos nos consultórios e a partir dali são feitas hipóteses diagnósticas que podem ser confirmadas ou descartaras nos exames de imagem. Mas lembre-se que uma ressonância normal não quer dizer que não existe doença e que seus sintomas e dores não são reais, só quer dizer que não é possível ver uma causa que esteja alterando a anatomia do cérebro, como um tumor ou um hematoma por exemplo. Em geral esses exames são pedidos para um grande número de indicações, incluindo tumores, lesões desmielinizantes, lesões isquêmicas como o AVC e para casos de epilepsia. Ressonância de coluna é muito solicitada para avaliação de dor, que podem ser causa das por hérnias ou alterações degenerativas, incluindo os abaulamentos discais e as artroses. Portanto, uma infinidade de resultados é possível a partir da análise de um exame de ressonância magnética.

A ressonância magnética das órbitas busca avaliar as alterações ao redor dos olhos, incluindo o globo ocular, o nervo óptico e os músculos que estão ali ao redor responsáveis pelo movimento dos olhos. Não é o exame ideal para avaliação de grau para óculos por exemplo, mas sim para avaliar se tem algum tipo de lesão que perturbe o funcionamento de todas essas estruturas juntas.

Os exames de imagem para avaliação da mastóide muitas vezes serão complementares, incluindo a necessidade de realização de TC, para ver a parte do osso, e avaliação da RM, para ver os nervos que fazem a audição e as estruturas que são responsáveis pelo equilíbrio, vertigem e tonteira O ideal é que a ressonância magnética seja feita com contraste para mostrar se há inflamação dos nervos, principalmente em casos de paralisia facial, quando o paciente fica com um dos lados do rosto paralisado.

A hipófise é uma glândula bem pequena que fica no interior do crânio e é responsável por secretar hormônios que regulam as outras glândulas. É muito conhecida na avaliação do hormônio da prolactina, que causa secreção mamária e dificuldade para engravidar. O exame também deve ser feito com contraste venoso para que seja possível identificar as pequenas lesões nodulares chamadas de microadenomas.